Ostateczne rozstrzygnięcie w tej sprawie podjął Naczelny Sąd Administracyjny, pouczając organy, że skoro upłynął termin przedawnienia, to nie mogą dochodzić zobowiązań podatkowych, które nie istnieją.
Podważenie rozliczeń VAT spółki przez organ
W styczniu 2016 r. naczelnik urzędu skarbowego, odnosząc się do rozliczeń podatkowych spółki za poszczególne miesiące 2011 roku, określił jej do uregulowania zobowiązanie w podatku od towarów i usług. Był to efekt przeprowadzonej w spółce kontroli skarbowej oraz postępowania podatkowego, w wyniku których ustalono, że firma rozliczyła w korektach deklaracji VAT-7 faktury korygujące, do których nie przedstawiła potwierdzenia odbioru korekty przez nabywcę. Dodatkowo organ oskarżył przedsiębiorcę, że ten zaniżył wartość należnego VAT z tytułu importu usług.
Spółka skutecznie zaskarżyła część ustaleń organów
Miesiąc później spółka odwołała się od tej decyzji organu w zakresie dotyczącym zakwestionowania odliczenia VAT z faktur korygujących. A ponieważ dyrektor izby skarbowej utrzymał ją w mocy, wniosła skargę do sądu, który wyrokiem z 26 kwietnia 2017 r. przyznał jej rację, orzekając m.in., że za wystarczający należy uznać każdy rodzaj potwierdzenia, który pozwala stwierdzić, że faktura korygująca dotarła do nabywcy, a więc i taki, jak przedstawiła spółka w formie elektronicznej (wyrok WSA w Warszawie, sygn. akt III SA/Wa 1970/16). Niemniej w pozostałym zakresie spółka nie podważała ustaleń organów. Stąd w rozliczeniach części miesięcy 2011 r. po stronie spółki pozostały do uregulowania zobowiązania podatkowe, a w części objętych korzystnym dla niej wyrokiem sądu powstała nadpłata w VAT.
Dla organów istotna była nie data powstania zobowiązania, a powstania nadpłaty
Organy nie zamierzały jednak odpuszczać. Postanowieniem naczelnika urzędu skarbowego z 18 października 2018 r., podtrzymanym następnie postanowieniem ze stycznia 2019 r. dyrektora izby administracji skarbowej, jako organu odwoławczego, organy podatkowe zaliczyły powstałe w rozliczeniach spółki nadpłaty w latach 2011, 2012 i 2016 na pokrycie pozostałych, spornych zobowiązań podatkowych za 2011 r. Spółka podniosła, że fiskus nie może dochodzić w 2018 r. zobowiązań, które powstały w 2011 r. Organ odpowiedział, że przecież spółka sama skierowała sprawę do sądu w maju 2016 r., a odpis wydanego przez ten sąd wyroku właściwy organ otrzymał w październiku 2017 r. Stąd też zdaniem fiskusa w okresie pomiędzy majem 2016 r. a październikiem 2017 r. nastąpiło zawieszenie biegu terminu przedawnienia zobowiązania podatkowego spółki za poszczególne miesiące 2011 r., ostatecznie wydłużając upływ tego terminu do 20 maja 2018 r.
W opinii dyrektora izby administracji skarbowej dla skutecznego zaliczenia nadpłaty istotne jest to, aby zaległości, na których poczet nadpłata ma zostać zaliczona, nie były przedawnione w dacie dokonania zaliczenia. A w sprawie spółki, w wyniku skutecznego zaskarżenia do WSA, nadpłaty powstały w maju, czerwcu, lipcu, wrześniu 2011 r., w styczniu 2012 r. oraz w grudniu 2016 r., i w tych samych datach zostały też zaliczone na poczet zaległości.
Organy nie mogą dochodzić od przedsiębiorcy zobowiązań, których już nie ma
Z organem podatkowym częściowo zgodził się sąd, do którego skargę wniosła spółka. W listopadzie 2019 r. przyznał, że termin przedawnienia zobowiązań spółki rzeczywiście upływał 20 maja 2018 r. Jednocześnie orzekł, że fiskus nie mógł zaliczyć spornych nadpłat na pokrycie zaległych zobowiązań spółki z 2011 r., gdyż w tym przedmiocie wydał postanowienie 18 października 2018 r., a więc po upływie terminu przedawnienia tych zobowiązań.
„[...] zarówno skarżone postanowienie, jak i poprzedzające je postanowienie NUS naruszają art. 59 § 1 pkt 9, art. 70 § 1 w zw. z art. 76 § 1 w zw. z art. 76a O.p., skoro bowiem w dacie wydawania przez NUS postanowienia o zaliczeniu z dnia [...] października 2018 r. zobowiązania w podatku od towarów i usług za luty, marzec, lipiec, wrzesień, październik i listopad 2011 r. nie istniały, gdyż z dniem [...] maja 2018 r. wygasły wskutek upływu terminu przedawnienia, nie było możliwe dokonanie zaliczenia nadpłaty, organy nie mogą bowiem dokonywać zaliczenia na poczet zaległości, których już nie ma” (wyrok WSA w Warszawie z 15 listopada 2019 r., sygn. akt III SA/Wa 806/19).
Organ nie miał podstaw do wydania decyzji wymiarowej
Fiskus ponownie nie dał za wygraną i tym razem to on wniósł skargę kasacyjną do Naczelnego Sądu Administracyjnego, podtrzymując swoje wcześniejsze stanowisko co do dat zaliczenia nadpłat na poczet zaległości. Naczelny Sąd Administracyjny stwierdził, że powyższe rozważania sądu I instancji i organów podatkowych co do skuteczności postanowienia o zaliczeniu nadpłaty na zobowiązania podatkowe wydanego po dacie, w której zobowiązania te uległy przedawnieniu, nie mają dla rozstrzygnięcia sprawy najistotniejszego znaczenia. Bo konsekwencją takich rozważań byłby błędny wniosek, że postanowienia organów można by uznać za zgodne z prawem, gdyby zostały wydane przed dniem 20 maja 2018 r.
Z kolei jak wskazał NSA, istotne jest to, że przyjęta w zaskarżonych postanowieniach wysokość zobowiązań podatkowych za poszczególne miesiące 2011 r. nie wynika z deklaracji złożonych przez spółkę, a z wydanej wobec niej zmieniającej tę wysokość decyzji wymiarowej organu. W decyzji z 9 kwietnia 2018 r. naczelnik urzędu skarbowego określił od nowa wysokość zobowiązań spółki, a decyzję tę 18 maja 2018 r. podtrzymał organ II instancji. To właśnie wysokość zobowiązań podatkowych wynikająca z tych decyzji stanowiła podstawę do rozliczenia spornych nadpłat. Uchylenie przez WSA w Warszawie w kwietniu 2019 r. zaskarżonej decyzji z 18 maja 2018 r., po tym, jak wyrok ten się uprawomocnił, sprawiło, że organ nie miał już podstaw do wydania kolejnej decyzji wymiarowej (wyrok NSA z dnia 9 listopada 2020 r., sygn. akt I FSK 1010/20).
Wszystko po to, by nie zwrócić nadpłaty
Wniosek z niniejszej, trwającej przecież blisko 9 lat, sprawy jest taki, że organy podatkowe chciały wydać kolejną decyzję wymierzającą zobowiązanie podatkowe przedsiębiorcy, pomimo tego, że jego zobowiązania wskutek upływu terminu przedawnienia wygasły. Dzięki temu nie musiałyby zwracać spółce długo wyczekiwanych przez nią pieniędzy. Przedsiębiorcy w ochronie swoich firm muszą bronić się przed takim nieuprawnionym działaniem organów. Być może niektórzy powinni przejrzeć swoje rozliczenia podatkowe, bo może sami padli już ofiarą takiej kreatywnej księgowości fiskusa. Zarówno NSA, jak i wydający wyrok w I instancji WSA w Warszawie stanowczo stwierdziły, że nie można dochodzić od podatników zobowiązań, które nie istnieją.
